Die billigste und effektivste Methode der Krankheitsbekämpfung ist vollständiges und tiefes Unterpflügen der befallenen Rapsstoppeln, von denen der Hauptbefall ausgeht (die Fruchtkörper des Pilzes werden auf den Rapsstoppeln gebildet).
Das Institut für Pflanzenschutz (IOR) empfiehlt folgende Pilzbekämpfungsmittel gegen die Wurzelhals und –Stängelfäule: (IOR Pflanzenschutzempfehlungen aus dem Anbaujahr 2004/05)

Fungizid	Aufwandmenge L oder kg / ha
Alert 375 SC	0,6-1,2
Caramba 60 SL	1-1,5
Horizon 250 EW	0,5-1
Karben 500 SC	0,5-0,7
Orius 250 EW	0,75-1
Sarfun 500 SC	0,4-0,8
Siarkol K 85 WP	3-4
Siarkol K 1000 SC	2,5-3
Sportak Alpha 380 EC	1,5-2
Tiowol K 500 SC	5-5,5

Diese Mittel können auch für die Bekämpfung des Grauschimmels und der Cylindrosporiose eingesetzt werden.